Theo đó, tại Khoản 2 Điều 27 của Dự thảo Luật Công đoàn quy định: “Kinh phí công đoàn do cơ quan, tổ chức, đơn vị, DN đóng bằng 2% tổng quỹ tiền lương thực trả cho người lao động”. Tuy nhiên, Dự thảo Luật Công đoàn lại không quy định cơ quan đánh giá, kiểm soát và quyền của chủ DN trong việc kiểm soát sử dụng hiệu quả số tiền này khi quy định nghĩa vụ phải đóng. 

Với quy định này, tất cả các DN kể cả kinh doanh thua lỗ cũng phải nộp phí công đoàn trong khi theo quy định của Nhà nước, DN kinh doanh thua lỗ không phải đóng thuế.

Nhiều DN phản ánh thêm: việc DN đóng thuế, tức là đã gián tiếp đóng góp kinh phí cho công đoàn hoạt động thông qua Ngân sách Nhà nước, nay phải trích nộp thêm phí công đoàn nghĩa là đóng góp 2 lần (!). Nếu không xác định rõ, việc nộp khoản phí này có thể sẽ đặt ra một câu hỏi là liệu DN có nên thành lập tổ chức công đoàn cơ sở hay không, vì tổ chức này là tự nguyện?

Thêm vào đó, lực lượng lao động trong các DN chế biến XK rất lớn, đặc biệt là các ngành kinh tế mũi nhọn như may mặc, da – giầy, thủy sản... Cụ thể, DN nhỏ có khoảng 300 – 500 công nhân, DN vừa có từ 600 – 1.000 công nhân, DN lớn có tới trên 2.000 công nhân, vì vậy với mức lương bình quân 2,5 triệu đồng/tháng hiện nay thì mỗi năm DN nhỏ phải đóng từ 180 – 300 triệu đồng, DN vừa phải đóng từ 480 – 600 triệu đồng và DN lớn phải đóng ít nhất 1,2 tỷ đồng. Số tiền này quá lớn và càng lớn khi Nhà nước vẫn tiếp tục tăng lương tối thiểu như hiện nay. Trong khi các DN đang đói vốn và phải đi vay lãi cao để duy trì sản xuất, đảm bảo công ăn việc làm cho người lao động. 

Thực tế hiện nay, do lao động lành nghề khan hiếm, hầu hết DN phải thực hiện nhiều chính sách xã hội để chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho người lao động, tạo sự gắn bó lâu dài giữa người lao động với DN như: đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp và các chế độ khác như: tăng tiền lương tiền thưởng, xây dựng nhà ở cho công nhân, thực hiện chế độ chăm sóc khi ốm đau, thăm hỏi hiếu, hỷ...,không chỉ với người lao động mà còn quan tâm tới cả người thân của người lao động.

Về đảm bảo điều kiện hoạt động của Công đoàn, Điều 25 Dự thảo Luật Công đoàn quy định mang tính áp đặt và không hợp lý vì nếu cơ sở vật chất, tiền lương, thời giờ hoạt động cho Công đoàn của cán bộ công đoàn cơ sở bắt người sử dụng lao động phải chi trả và phụ thuộc vào người sử dụng lao động thì không thể bảo đảm được tính độc lập của Công đoàn. Chủ lao động trả lương tất nhiên sẽ có quyền giám sát, kiểm soát các hoạt động của người được nhận lương, phụ cấp. Điều này sẽ gây khó khăn cho hoạt động của cán bộ công đoàn cơ sở trong trường hợp có mâu thuẫn lợi ích giữa chủ DN và người lao động. Ngoài ra, Khoản 2 Điều 5 và Khoản 1 Điều 26 của Dự thảo Luật Công đoàn cũng không hợp lý, thiếu tính khả thi, thậm chí mâu thuẫn với Khoản 1 Điều 6 trong chính Dự thảo này.